De vereniging reikt verscheidene prijzen uit voor publicaties in diverse takken van de plantkunde. De prijzen worden uitgereikt tijdens de wetenschappelijke bijeenkomst van de vereniging en de laureaten worden uitgenodigd om tijdens die bijeenkomst een korte lezing te geven.

• de Émile De Wildeman-prijs voor tropische (Afrikaanse) plantkunde
   
• de Léo Errera-prijs voor fysiologie, morfologie, moleculaire biologie of genetica van planten
   
• de François Crépin-prijs voor onderzoek aan flora en vegetatie van België en aangrenzende gebieden
   
• de Émile Marchal-prijs voor mycologie, microbiologie of fytopathologie
   
• de Young Botanist-prijzen voor de beste master-thesissen in de plantkunde